ערב עליית הנאצים לשלטון חיו בגרמניה כ-500,000 יהודים, אשר זכו לשוויון חוקי וחברתי וראו עצמם כחלק מהחברה הגרמנית. עליית המשטר הנאצי והצעדים האנטי-יהודיים שנקט בשנות השלושים, הביאו לתמורה קיצונית במצבם של היהודים, ואחוז גבוה מהם ביקש לעזוב את גרמניה. זרם היהודים ההולך וגובר, לצד חוסר הרצון של מדינות העולם השונות להגדיל את מכסות ההגירה ולקלוט את היהודים, הביא למשבר הומניטרי ולתחושה ש“כדור הארץ ללא היתר כניסה“ (כפי שאמר בנו כהן, בעדותו במשפט אייכמן).
פרשת סנט לואיס הייתה אירוע טראגי ששיקף את מצב הפליטים היהודים בשנות השלושים.
ב-13 במאי 1939, יצאה הספינה מהמבורג שעל סיפונה 936 פליטים יהודיים. עם הגיעה ב-27 במאי ליעדה – קובה – התברר כי אשרות הכניסה שבידי 930 מהפליטים נוסעי הספינה אינם תקפים. נשיא קובה פדריקו לרדו ברו (Federico Laredo Brú) הכריז שהפליטים לא יקבלו מקלט מדיני ואף לא יורשו לרדת מאנייה לחוף. אחד הנוסעים ניסה להתאבד ונוסעים נוספים איימו בהתאבדות אף הם.
ארגון הרווחה היהודי-אמריקאי „הג’וינט“ שלח את נציגו להוואנה על מנת לשאת ולתת בדבר כניסת הנוסעים לקובה. בעת ההמתנה הודיעה ארצות הברית שגם היא מסרבת לקלוט את הפליטים, על פי הוראה ישירה של הנשיא רוזוולט. ב-2 ביוני ברו גרש את הספינה אל מחוץ למים הטריטוריאליים של קובה והיא הפליגה לכיוון פלורידה, שם נצבה והמתינה בתקווה למציאת פתרון. ב-5 ביוני הושג הסכם אשר יאפשר לפליטים להיכנס לקובה תמורת איגרת חוב בסך 453,000 דולר (כ-500 דולר לכל פליט) שתופקד ביום המחרת, אך הג’וינט לא הצליח לגייס את הסכום במועד שנקבע, וב-6 ביוני נאלצה הספינה להפליג חזרה לאירופה.
לאחר כחודש הגיעה האנייה לנמל אנטוורפן בבלגיה. ממשלת בלגיה הסכימה לקבל 214 נוסעים, 288 נוסעים המשיכו לבריטניה, 181 נוסעים הגיעו להולנד ו-224 נוספים המשיכו לצרפת. ארגון הג’וינט האמריקאי פנה אל הסוכנות היהודית בבקשה לקבלת רישיונות הגירה לארץ ישראל (אותם הסוכנות קבלה מרשויות המנדט הבריטי) אך נענה בשלילה.
הפליטים שמצאו מקלט בבריטניה ניצלו. 87 מתוך 620 הנוסעים שחזרו לאירופה הצליחו לעזוב אותה לפני פלישת הנאצים להולנד, צרפת ובלגיה. שאר הנוסעים חוו את מוראות השואה, ו-254 מהם נספו.
רב החובל של הספינה, גוסטב שרדר, שסרב להחזיר את הנוסעים לגרמניה עד שיימצא עבורם מקלט, הוכר בשנת 1993 על ידי יד ושם כ“חסיד אומות העולם“.
